Kualitas lulusan MAN 1 Cilacap dituntut untuk memenuhi standar kompetensi dunia kerja. Salah satunya, selain mampu menguasai materi akademis, siswa harus dapat berinteraksi dan aktif dalam hubungan sosial.
Kegiatan ekstrakurikuler merupakan salah satu alat pengenalan siswa pada hubungan sosial. Di dalamnya terdapat pendidikan pengenalan diri dan pengembangan kemampuan selain pemahaman materi pelajaran.
Berangkat dari pemikiran tersebut, di MAN 1 Cilacap diselenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler.
Selain OSIM sebagai induk kegiatan ektrakurikuler di sekolah, kegiatan ektrakurikuler lainnya adalah:
- Pramuka
- Patroli Keamanan Madrasah (PKM)
- Palang Merah Remaja (PMR)
- Robotik
- Seni Musik & Seni Rupa
- Olahraga (Bola Voli, Bola Basket, Pencak Silat, Taekwondo)
- Himpunan Dai Siswa (HIMDAIS)
- Olimpiade Sains Nasional
- Karya Ilmiah Remaja
- Pecinta Alam
- Lifeskill Otomotif & tata Busana